نحوه ثبت نام بن کتاب دانشجویی وزارت ارشاد برای سال ۹۵ بحث برانگیز شده است. جمعی از دانشجویان ضمن به رویه ثبت نام بن کتاب اعتراض کرده اند.
دانشجویان اعلام کرده اند امسال بر خلاف سال های قبل دانشجویان نمی توانند سهم خود را از طریق درگاه اینترنتی پرداخت کنند. بلکه باید از طریق اپلیکیشنی که توسط بانک شهر در سایت رسمی بن کتاب قرار داده شده این کار انجام شود. منتهی صرفا دانشجویانی که دارای تلفن همراه هوشمند هستند می توانند این اپلیکیشن را نصب و فرایند ثبت نام برای دریافت بن کتاب را انجام دهند.
این تبعیض ناروا میان دانشجویان در ارائه بن کتاب که با داشتن یا نداشتن گوشی هوشمند صورت گرفته موجی از نارضایتی میان آنها ایجاد کرده است. دانشجویان همچنین عنوان می کنند متاسفانه کسی در این باره پاسخگو نیست و در حالی که از طریق ایمیل اعلامی در سایت بن کتاب خواستار توضیح در این باره شده اند هیچ پاسخی دریافت نکرده اند.